本校测绘专业的历史可追溯到创建于1915年的河海工程专门学校，是全国最早设置测绘专业的高等学校之一。测绘科学与工程系现设有“测绘工程”和“遥感科学与技术”2个本科专业，测绘学科设有“测绘科学与技术”博士点，“测绘科学与技术”博士后流动站，“大地测量学与测量工程”、“摄影测量与遥感”、“地图制图学与地理信息工程”等硕士点，以及“工程硕士”培养领域，招收培养博士和硕士研究生。2004、2008、2017年教育部公布的全国测绘学科综合实力排名中，本校测绘学科均名列前茅。多层次的教学科研领域，逐渐形成了精密工程测量理论及技术、变形监测与安全监控、卫星定位及组合导航、摄影测量理论与技术、遥感及图像处理、“3S”技术及其应用、地理信息科学与系统工程等相对稳定的研究方向，特别在精密工程测量、大型建筑物安全监控、数字摄影测量及虚拟现实技术、城市遥感、空间定位技术与应用、“3S”集成技术、专题地理信息系统开发等领域，具有较强的实力和自己的特色，成为培养测绘类高级人才的基地。本专业毕业生历来供不应求，本科生供需比超过1:10。

  测绘学科按研究所、系等组织运行。现设置有测绘科学与工程系、遥感与空间信息工程研究所、测绘工程研究所、测绘工程实验室、水利建设“3S”技术应用联合实验室（与香港理工大学共建）、卫星及空间信息应用研究所、江苏省水资源环境遥感监测评估工程研究中心、江苏省测绘教学示范中心、海洋遥感与海洋探测研究中心、北斗卫星数据分析中心等。现有教学及科研人员44人，其中教授13人，副教授及高级实验师26人，86%的老师具有博士学位。

  近年来河海测绘学科充分发挥各种资源优势，积极走产、学、研相结合的发展道路，取得了优异成绩。先后参与了三峡、小浪底、小湾等十多个国家重大水电工程项目的建设，承担了江阴长江大桥、南京长江二桥、三桥和四桥、润扬长江大桥、苏通长江大桥、泰州长江大桥、沪宁高速公路、南京地铁等国家重大交通工程项目的测量中心工作。河海测绘科学以服务水利和“长三角”地方经济建设为特色，正处于快速发展之中。