本校测绘专业的历史可追溯到创建于1915年的南京河海工程专门学校，是全国第一所设测绘专业的高等学校。测绘科学与工程系现设有“测绘工程”本科专业，测绘学科设有“大地测量学与测量工程”博士点，“测绘科学与技术”博士后流动站，“大地测量学与测量工程”、“摄影测量与遥感”、“地图制图学与地理信息工程”三个硕士点，招收培养博士和硕士研究生。2004年教育部公布的全国测绘学科综合实力排名中，本校测绘学科名列前茅。多层次的教学科研领域，逐渐形成了精密工程测量理论及技术、变形监测与安全监控、卫星定位技术及组合导航、现代摄影测量理论与技术、“3S”技术及其应用、地理信息科学与系统工程等相对稳定的研究方向，特别在精密工程测量、大型建筑物安全监控、近景摄影测量及数字摄影测量、空间定位技术与应用、“3S”集成技术、专题信息系统设计开发等等领域，具有较强的实力和自己的特色，成为培养高级测绘类人才的基地。本专业毕业生供不应求，近年来本科生供需比超过1：10。
     测绘科学与工程系设置有工程测量教研室、国土信息工程教研室、测绘工程实验室、水利建设“3S”技术应用联合实验室（与香港理工大学共建）、卫星及空间信息应用研究所（与河海大学科学院共建）、现代测量工程研究所、遥感信息工程研究所等，现有教学及科研人员30多人，绝大部分教师都在45岁以下。其中教授7人，副教授及高级实验师15人，具有博士学位的教师19人。
     近年来测绘科学与工程系充分发挥各种资源优势，积极走产、学、研相结合的发展道路，取得了优异成绩。先后参与了三峡、小浪底、小湾等十多个国家重大水电工程项目的建设，承担了江阴长江大桥、南京长江二桥和三桥、润扬长江大桥、苏通长江大桥、泰州长江大桥、沪宁高速公路、南京地铁等国家重大交通工程项目的测量中心工作。近五年来承担国家自然科学基金项目6项、国家科技支撑计划项目2项，部省级基金项目9项。获得国家科技进步奖1项，部省级科技进步奖12项，发明及实用新型专利10项,科研经费超过2500万。测绘科学与工程系坚持水利为特色，正处于快速发展之中。